Istorija Kovilja proteže se kroz vekove i duboko je povezana sa Dunavom, Šajkaškom i bogatom tradicijom naroda koji su naseljavali ove prostore. Zahvaljujući povoljnom položaju između plodne ravnice i močvarnog područja Koviljsko–petrovaradinskog rita, Kovilj je vekovima bio mesto susreta kultura, trgovine i vojnih puteva.

Pretpostavlja se da je područje današnjeg Kovilja bilo naseljeno još u praistoriji, što potvrđuju arheološki nalazi iz šire okoline. Prvi pisani tragovi o naselju datiraju iz srednjeg veka, a naziv Kovilj često se povezuje sa biljkom koviljem (vrsta trave), karakterističnom za stepsku vegetaciju Panonske nizije. Tokom srednjovekovnih zapisa, naselje se pominje u različitim oblicima, ali uvek na prostoru gde se ravnica susreće sa vlažnim dunavskim područjima.

Kovilj je posebno bio značajan u periodu kada je ovaj deo Bačke pripadao Podunavskoj vojnoj granici. Od 16. do 19. veka ovde su živeli Šajkaši – čuveni srpski rečni vojnici koji su, u malim i pokretnim čamcima (šajkama), štitili granice Habzburškog carstva od upada Osmanlija. Kovilj je bio jedno od njihovih važnih uporišta.

Ovaj vojni i istorijski period ostavio je dubok trag u identitetu sela, kulturi, običajima i kolektivnom sećanju. I danas se mnoge manifestacije, nazivi ulica i lokalna tradicija povezuju sa šajkaškom prošlošću.

Jedan od najznačajnijih istorijskih spomenika u ovom kraju svakako je Manastir Kovilj, koji se prema predanju vezuje za Svetog Savu. U kasnijim vekovima manastir je više puta obnavljan i proširivan, a danas predstavlja duhovni, kulturni i turistički centar čitavog kraja. Tokom istorije, manastir je bio i važna tačka obrazovanja, pismenosti i čuvanja nacionalne tradicije.

Tokom 19. veka Kovilj se razvija kao snažno zemljoradničko naselje. Otvaraju se škole, zanatske radionice, trgovine, a zahvaljujući blizini Dunava i širokih polja, selo postaje privredni centar šire okoline.

U 20. veku, posebno nakon Drugog svetskog rata, Kovilj doživljava stabilan rast: unapređuje se infrastruktura, razvija industrija u okolini, otvara se veliki broj društvenih ustanova, a selo postaje poznato po bogatom kulturnom životu, sportskim klubovima i aktivnim udruženjenjima.

Danas je Kovilj deo Grada Novog Sada i jedno od najvećih sela u Šajkaškoj. Spoj tradicije, modernog razvoja i blizine reke čine ga jedinstvenim mestom u Vojvodini. Iako čuva svoj šajkaški identitet, Kovilj se sve više otvara savremenim tokovima — od turizma, preko malih porodičnih biznisa, do savremenog načina života koji privlači nove generacije.